こたつ用ヒーターユニットは、機種によってモーターファンを内蔵していますので、若干の振動や風切り音は構造上発生いたします。また、温度調節器(サーモスタット)からも「カチッ」と周期的に音がしますが、異常ではありませんのでご安心ください。
暖まらない原因には次のことが考えられます。